本校の創立以来の伝統的な学習法であり、子どもたちが「学び」をする原点の教科である『お知らせ』は、１年生の当初から、子どもたち一人ひとりが身の回りにある「自然のもの」を交代で教室に持ち込み、クラスの皆の前で発表することから、その活動が始まります。それはまた、「自然学習」の萌芽の瞬間でもあります。
発見する力・観察する力・発表する力・聞く、聴き取る力・考える力・継続して追究する力などをつけ、子どもたち一人ひとりが研究する喜びに目覚めることによって、子どもの数だけ小さな博士が誕生します。

｢生き物の成長と体のつくり｣や「季節と生き物の様子」の学習の一環として、広大な学校農園を有効に利用しています。３年生では大輪のヒマワリを、児童各自が種子から栽培・観察しています。また、４年生は大々的にヘチマの栽培をしています。成長にともなう折々の変化を観察記録に綴ったあと、成熟・乾燥したヘチマから立派なタワシを製作します。

高学年になると、これまで取り組んできた自然・環境教育もまとめや発展の要素がより一層濃くなります。
また、実験・観察の内容も深化・高度化していきます。もちろん、中学進学に向けた学力の向上（精選された教材・課題と効率のよい問題演習）にも、児童・スタッフ一丸となって集中して取り組みます。
さらに６年生では、「琵琶湖博物館」での研修を糸口に、各自が「自然と人間の共生」や「環境問題」に関する研究テーマを見つけ、深く長い追究の末、「卒業論文」としてまとめあげるという、重厚な取り組みを行っています。

【５年生】
種子の発芽の学習の延長で、食農体験も兼ねてスタートした学校農園でのトウモロコシや豆類の栽培活動。秋のバザーでは伝統の「八百屋」を出店しますが、そのための多種大量の有機野菜の栽培も５年生が担当します。例年バザー当日には、山積みされた種類豊富な野菜が、瞬く間に完売します。 学年の締めくくりでは、「塩分濃度の知覚実験」や、「食塩水の蒸留実験」と絡めてフラスコ内を「真空」に近い状態にする実験に取り組みます。

【６年生】
授業が中学入試対策中心になる秋。入試問題演習の間に、「水溶液」の発展学習として、身の回りの素材からリトマス紙やＢＴＢ液に代わる指示薬を探す実験をします。意外なものからもカラフルかつデリケートに発色する指示薬がたくさん見つかります。また「人体」の発展学習では、スルメイカの解剖実習を行います。一人一杯ずつの解剖は緊張しますが、イカには心臓が三つあることなど、新しい発見がたくさんあります。そして、６年生の最後に取り組む「環境問題」がテーマの卒業論文。その中では、海も山も川も街も…水も空気も動物も植物も、汚され痛めつけられて泣いている事例がたくさん報告されます。急速に破壊され、変えられ、消えゆく自然（私たちを取り巻く環境）。それは結局、私たち人類自身の悲劇につながりかねないことを、子どもたちはこの卒業論文への取り組みを通して学んでいきます。